«سقوط نجیب‌الله تفاوت‌های احزاب جهادی را آشکار ساخت. صبغت‌الله مجددی، رهبر جبهه‌ی ملی نجات افغانستان برای دوماه (می و اپریل) به‌حیث رییس‌جمهور تعین شد. نظر به‌توافق مجاهدین برهان‌الدین ربانی در ماه جون ۱۹۹۲ رییس‌جمهور شد و قرار شد وی تا دسمبر ۱۹۹۴ این سمت را به‌پیش ببرد. وی حاضر به کناره‌گیری از قدرت نشد و گفت در صورت مشخص‌نبودن جانشین‌اش قدرت سیاسی متلاشی خواهد شد. این تصمیم با مخالفت شدید عده‌ای از رهبران مجاهدین از جمله گلبدین حکمتیار، رهبر حزب اسلامی روبه‌رو شد. حکمتیار و متحدان وی آغاز به جنگ نمودند تا ربانی را برکنار نمایند. ربانی توافق کرد تا کرسی صدارت را برای حکمتیار بدهد، در صورتی‌که وی گلوله‌باری بر کابل را متوقف سازد.

در سال ۱۹۹۳-۱۹۹۴ علمای اسلامی و محصلین افغان که اکثریت آن ده‌نشینان بودند، تحریک طالبان را تأسیس نمودند. بیشتر آنان مجاهدین سابقه بودند، که از درگیری میان احزاب مجاهدین دل‌خورده شده بودند و جهت شامل‌شدن در مدارس اسلامی به‌پاکستان رفته بودند. ملا محمد عمر، رهبری طالبان یکی از مجاهدین مربوط به حزب اسلامی خالص بود، که بر علیه اتحاد شوروی می‌جنگید. حزب خالص در زمان جنگ علیه شوروی حزب اسلامی میانه‌رو محسوب می‌شد اما خالص و جناح وی در اواسط سال ۱۹۹۰ به مخالفت علیه ایالات متحده برخاستند.  ملا عمر یک ملای روحانی پایین‌رتبه‌ی اسلامی بود، که یک چشمش را در جنگ علیه شوروی از دست داده بود.

از دیدگاه طالبان حکومت ربانی یک حکومت ضعیف و فاسد بود. چهار سال جنگ داخلی میان احزاب مجاهدین باعث حمایت‌های گسترده از طالبان گردیده بود. با کمک فراری‌ها، طالبان توانستند، به‌شکل مسالمت‌آمیز کنترل شهر جنوبی قندهار را در نوامبر ۱۹۹۴ به‌دست بگیرند. با تسخیر قندهار ملا عمر دستور بازنمودن زیارت خرقه‌ی مبارک را صادر کرد. وی در مقابل صدها طرف‌دارش مکررن خرقه‌ی مبارک را بر تن کرد. تا فبروری سال ۱۹۹۵ طالبان به کابل رسیدند و در ماه سپتمبر همین سال، هرات را تسخیر کرده و والی آن،  اسماعیل خان را زندانی کردند. اسماعیل خان بعد از زندان فرار نموده به ایران رفت. در سپتمبر ۱۹۹۶ تصرفات طالبان تا دهانه‌ی کابل باعث شد تا ربانی و مسعود با سلاح‌های سنگین خویش به‌دره‌ی پنجشیر عقب‌نشینی کنند. به‌تاریخ ۲۷ سپتمبر ۱۹۹۶ طالبان کنترل کابل را گرفتند و متعاقبن به مهمان‌خانه‌ی سازمان ملل در کابل رفته، داکتر نجیب‌الله و برادر وی را دستگیر نموده به دار زدند.

حکومت طالبان (سپتمبر ۱۹۹۶ الی نومبر ۲۰۱۱)

ملا محمد عمر کسی‌که در میان طالبان به لقب امیرالمومنین خطاب می‌شد، حکومت طالبان را رهبری می‌کرد. وی در مرکز دولت در قندهار باقی ماند و هیچ‌گاه در محضر عام دیده نشد، هرچند که مقامات عالی‌رتبه‌ی خارجی معمولن به ملاقات وی می‌رفتند. اسامه بن لادن، رهبر القاعده از سودان به افغانستان نقل مکان کرد، جایی‌که در زمان جنگ علیه شوروی وی به سربازگیری عرب  می‌پرداخت. وی نخست در اراضی ولایت ننگرهار که به‌وسیله‌ی حزب اسلامی خالص کنترل می‌گردید، مسکن‌گزین بود و بعد که طالبان کنترل اکثر اراضی افغانستان را به‌دست گرفتند، در هرجایی‌که می‌خواست حاکمیت داشت. ملا عمر پیوستگی سیاسی و شخصی با بن لادن ایجاد کرد و درخواست امریکا مبنی بر استرداد بن لادن را رد کرد. چون ملا عمر، چهره‌های ارشد طالبان از پشتون‌های غلجایی بودند، که بر مناطق شرقی افغانستان تسلط داشتند. این‌ها رقیبان پشتون‌های درانی اند، که بر مناطق جنوب تسلط دارند.

طالبان در مناطق تحت کنترل‌شان آداب و رسوم اسلامی را شدیدن در نظر گرفتند و مجازات‌های شدید از قبیل اعدام را به‌منصه‌ی اجرا گذاشتند، که این عملکرد آنان باعث از دست‌دادن حمایت ملی و بین‌المللی گردید. طالبان وزارت امر به‌معروف را ایجاد کردند تا با استفاده از مجازات‌های فزیکی اعمال اسلامی را به اجرا بگذارند. آنان تلویزیون، موسیقی غربی، دانس، به مکتب رفتن دختران و کارکردن زنان در بیرون از خانه را ممنوع قرار دادند و در محضر عام تعدادی از زنان را به جرم زنا اعدام کردند. این برخورد طالبان شدیدن افراطی بود و عده‌ای می‌گویند، که این اعمال بنا بر خواست بن لادن صورت می‌گرفت. در ماه مارج ۲۰۰۱ طالبان دو مجسمه‌ی بزرگ بامیان را انفجار دادند و آن‌را بت خواندند.»

منبع: افغانستان؛ حکومت پس از طالبان، امنیت و سیاست امریکا، کینید کیتزمن، ترجمه‌ی محمد امید نور، انتشارات سعید، صص ۹-۱۱